Tiek hipnoterapija tiek psichoterapija priklauso platesnei psichologinių paslaugų grupei, tačiau jos veikia skirtinguose psichikos sluoksniuose. Tradicinė psichoterapija apima įvairius terapinius metodus, kurie padeda suprasti mintis ir keisti elgesį, o taip pat atpažinti emocijas ir analizuoti vidines schemas: Kognityvinę Elgesio terapiją (KET), Psichodinaminę, Humanistinę, Dialektinę Elgesio terapiją (DBT), Priėmimo ir Įsipareigojimo (ACT) ir kitus. Psichoterapija yra vertinga, nes ji dirba su sąmoningu suvokimu,- su tuo, ką žmogus mato ir supranta. Tačiau yra sluoksniai, kurių psichoterapija vien tik pokalbiu ir sąmoningu analizavimu negali pasiekti. Galima suprasti elgesio logiką, ilgus metus analizuoti praeities patirtis, bet kūno atmintis vis tiek kartoja senas neurofiziologines automatines reakcijas. kurių neįmanoma pakeisti vien sąmoningu supratimu ir loginio proto analize. Dažnai žmogui reikia gilesnės pagalbos, nes pokalbiai pasiekia tik paviršių, o tikroji problema slepiasi keliais sluoksniai giliau.

Ir būtent čia prireikia metodo, siekiančio gilesnes psichikos struktūras,- tas, kurios sąmoningam protui vienam yra neprieinamos. Žmogus gali metų metais analizuoti praeities įvykius, tačiau kūno atmintis vis tiek kartoja senus neurofiziologinius šablonus, ir būtent čia atsiranda poreikis terapijai, kuri įsiskverbia giliau- hipnozės.

Hipnoterapija, veikia tiesiai ten, kur formuojasi emocijos, baimės, neurofiziologines automatines reakcijos bei vidiniai įsitikinimai ir palyginti su kitais terapiniais metodais, hipnoterapija turi du svarbius privalumus. Visų pirma, ji turi tiesioginį ryšį su pasąmone,- ko neturi kiti psichoterapijos metodai. O kadangi žmonių problemas dažnai lemia pasąmonės procesai, todėl tiesiogiai bendradarbiaudama su pasąmone, hipnoterapija gali greičiau padėti pasiekti norimų pokyčių. Ir tai antras svarbus hipnoterapijos privalumas prieš kitus psichoterapinius metodus.

Tai vyksta todėl, kad hipnoterapijos metu sulėtėja prefrontalinės žievės aktyvumas. Tai ta smegenų dalis, kuri atsakinga už sąmoningo proto darbą, logiką ir racionalę analizę, o aktyvesni tampa emociniai ir automatiniai smegenų centrai, stiprėja limbinių struktūrų aktyvumas: amigdala, hipokampas, insula,- būtent šios sritys saugo emocinius prisiminimus, kūno reakcijas ir automatizuotus atsakus. Kai anlitinė kognityvinė veikla trumpam sulėtėja, o emociniai centrai tampa labiau pasiekiami, hipnoterapija gali tiesiogiai perrašyti senus įrašus ir formuoti naujus refleksus. Tuomet keičiasi ne tik mintys, bet ir kūno reakcijos,- atsiveria tas gylis, kurio žodinė psichoterapija nepasiekia vien todėl, kad sąmonė nepajėgia įžengti taip giliai.

Tai tie sluoksniai, kurie formuoja emocines reakcijas dar prieš žmogui spėjant jas apdoroti mintimis. Kai šie sluoksniai tampa pasiekiami, terapija perein į gilesnį lygį, kur koreguojamos ne mintys ar idėjos, kaip tai daroma psichoterapijoje, o patys nervų sistemos reakcijų tinklai. Tokiu momentu prasideda tikras hipnoterapijos darbas,- darbas, kuris ne analizavimu ar interpretacijomis, o neurofiziologiniu perrašymu keičia tai, kas lemia žmogaus jausmus, pasirinkimus ir įpročius.

Šitas procesas sukuria gilų pokytį, kurio neįmanoma pasiekti vien logika pagrįsta psichoterapija, nes ji ne analizuoja problemos, o perstruktūruoja patį emocinį atsaką, iš kurio ta problema kyla, pakeisdama ne tik mintis, bet ir kūno reakcijas ir nervų sistemos veikimo būdą.

Dėl to hipnoterapija vadinama pasąmonės perrašymo metodu, nes ji keičia pačią problemos šaknį, o ne tik jos paviršinį suvokimą. Ir todėl keičiasi ne tik mintys, o pokytis tampa gilesnis, nei vien kalbant apie problemą.

Moksliniai tyrimai rodo, kad dažnais atvejais hipnoterapija gali net padėti ten, kur kiti terapijos būdai neveikia ir padėti greičiau ir efektyviau nei ilgalaikė metų metais atliekama psichoterapija. Psichoterapija paaiškina, kas vyksta, o hipnoterapija pakeičia tai, kas vyksta. Dėl šios priežasties hipnoterapija laikoma terapija, kuri ypač veiksminga, kai reikalinga terapija traumoms, terapija nerimui, terapija įpročiams ar kitiems išsisenėjusiems emociniams modeliams.

Todėl psichologinė pagalba per hipnoterapiją tampa ne teorija, o realiu pokyčiu žmogaus nervų sistemoje. Kai keičiasi nervų sistemos reakcijos,- keičiasi ir visas gyvenimas.

Tai nereiškia, kad viena terapija yra geresnė už kitą ,- tiesiog skirtingos psichologinės problemos reikalauja skirtingo priėjimo. Patyręs hipnoterapeutas gali nustatyti, kada žmogui reikalinga gilesnė pasąmonės korekcija, o kada būtų vertingesnė kita psichologinė pagalba. Būtent tokiais momentais aiškiai matyti, kad psichologinė pagalba nėra vienoda visiems: vienam labiausiai tinka psichoterapija, kitam,- aktyvi, dinamiška hipnoterapija, o trečiam integruotas metodas su medikamentiniu gydymu ar psichologinis konsultavimas

Patyręs hipnoterapeutas gali įvertinti, kada reikalinga gilesnė pasąmonės korekcija, o kada efektyvesnė būtų kita psichologinė pagalba, todėl svarbus ne tik metodas, bet ir specialisto gebėjimas suprasti, kokia terapija konkrečiai situacijai yra tinkamiausia. Dėl šių priežasčių hipnoterapija užima ypatingai svarbią vietą tarp visų terapijos formų, ypač tada, kai reikalinga giluminė transformacija, o žmogus nori ne tik suprasti, bet ir realiai pakeisti savo emocines reakcijas bei įsisenėjusius įpročius.